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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づき推測・可能性をコメントさせていただきます。

＞生理予定日から今日で5日経ちました
このことから、生理予定日は4月11日ということになります。
したがいまして、排卵予定日は3月28日付近ということになります。

＞17日ほど前に彼と性行為をしました。
このことから、性行為があったのは3月30日頃ということになります。

＞その翌日膀胱炎にかかり抗生剤を5日間服用、また、その日に38.5の高熱が出たため、医者から処方された三種類の薬を1週間服用しました。
3月31日頃から4月4日頃まで抗菌剤を、ほかなんらかの薬3種を4月6日まで服用されたということになります。

＞薬や精神的不安から生理が遅れてるのか、単純に妊娠したからなのか
上記を整理しますと、おそらく膀胱炎の原因はその前日の性行為の可能性があります。
とはいえ高熱が出たとのことですので、急性腎盂炎だった可能性もあります。いずれにせよ、抗菌剤を飲まれて症状が落ち着いたとのことですので、これに関しては今後ぶり返すようなことがあれば引き続き泌尿器科などで経過を診ていただくのがいいかと思います。

排卵予定日と性行為・発熱・服薬がほぼ同時期ですので判断が難しいですが、もともと排卵が遅れていたところに発熱・服薬が重なり、さらに排卵が遅れ、結果的に生理が遅れている可能性があるかと思います。

妊娠の可能性につきましては、性行為から3週間経っても生理が来なかった場合に、妊娠検査薬を使用することでお確かめいただくのがいいかと思います。
そこで陰性にも関わらず生理が来ないということでしたら、様子を見て婦人科にご相談されてみてはいかがでしょうか。

避妊をしっかりしているのなら妊娠の可能性は低いと思いますよ(*^^*)

また、ゴムもしっかり確認しているとの事なのでそこは安心して大丈夫かと思います。

きっと生理が遅れてしまっているのは体調不良が続いた為かと思われます。

また体調が安定してきたら生理がくるかと思いますので、今はゆっくり休んで体調を万全に整えて下さいね！
あまり不安になりすぎると逆に生理が遅れてしまうこともあるので考えすぎないことも大切です。
お大事になさってください*???*