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こんにちは。
私は多少、その手の話に詳しいので、書き込んでみます。
まず、医師免許証ですが、念のためにもう一度確認した方がいいかもしれま
せん。
名簿は戸籍どおりにするのはもちろんですが、免許証も戸籍の字に合わせる
のが通常です。
というのも、手続き自体名簿の訂正と免許証の書換えが兼ねた書式ですか
ら。
制度としてできるかもしれませんが、きっと窓口で混乱が生じますので、
厚生労働省に問い合わせた際、その方の名前を確認した方が確実でしょう。
申請時にはっきりさせておかないと、
出来上がった免許証が戸籍姓のものになる可能性大です。
あるいは、戸籍の姓と通称名の姓とが併記されるかもしれません。
（通称名が括弧書き。）
外国籍の方はよく、外国名と日本名と、併記しています。

院内で使用する、カルテや各種書名欄・・・
これは判断が難しいかもしれません。
原則論で言えば、「医師法医療法等に基づく法的行為」は戸籍姓、というこ
とでしょう。
ただし、医師免許証が旧姓で記載され、
保険医も変更届に旧姓を使用する旨書くのであれば、
法的に旧姓使用することをはっきりさせているわけですから、
旧姓使用しても大丈夫でしょうね。
この先将来新たに開業するとき・・・などなどの法的手続きで、
ずっと同じような面倒が続く覚悟は必要です。
別姓が早く認められるといいですよねぇ。

あくまでも、一般的見解ですので、
最終的には、あなたが勤める地域を管轄する役所が判断した結果が全てで
す。

お役に立てたかわかりませんが、参考までに・・・