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私の母の話なのですが、税金に詳しい方がいらっしゃいましたら
教えて頂けますでしょうか？

母はパートで働いています。（扶養控除範囲内）
１１，１２月は忙しい月で残業が多かったために
一時的に給与が多く、所得税が取られています。
しかし、Ｈ１６年の１年では１０３万を超えていないため、
この所得税は返って来ると思うのですが・・・。

そこで質問です。
通常、このような場合は年末調整で戻ってくると思うのですが、
母の会社ではパートには年末調整をしてくれないそうで
（それって合法でしょうか？）
この場合は確定申告をすれば返って来るのでしょうか？

また、確定申告をした場合、父の会社には母がパートをしている
ことがバレることはないですよね？
（扶養控除内なので、問題はないのですが、
　父の会社では妻が働いているっていうのはチョット・・・という
　雰囲気らしいのです。）

初歩的な質問ですが、よろしくお願いします！！