オズモール　女性・OLのための情報サイト

こちらの掲示板では初めてお世話になります。
タイトル通りの相談なのですが、
もし何かご存知の方がいらしたら、どういったことでも
構わないので、情報をいただけないでしょうか。

私は契約社員として会社に所属し、
自分で還付申告をするため、会社には年末調整不要である旨
申し出ていたにも関わらず、年末調整されてしまいました。

会社では社会保険加入しているのは雇用保険のみで、
源泉徴収票の社会保険料等の金額欄にこの金額のみ
記載された形となっています。

実際には平成15年中に、社会保険（国保・健保）で約33万
簡易保険で約9万を支払っています。
また会社を替わっていることもあり前の会社の源泉徴収票が
必要なのですが、それも計算外となっています。

それを加味しても年末調整額より多く還付される可能性が
高いこと、そしてそもそも事実と異なる申告であることから
改めて自分で税務署に行って還付申告を行い、
正しい金額を受け取る（もしくは不足分を受け取る）
ことは出来るのでしょうか？

本来であれば自分の会社や税務署で聞くのが筋かと思いますが
訳あって本日の夜にこのことが発覚し、少し冷静になるためにも
いろいろ知りたいと思い、自分でもあれこれ調べつつ、
お力をお借りしたいと思いました。

長々と読んでいただいてありがとうございました。