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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づきコメントさせていただきます。

＞排卵時期がずれていて、誤診されたのではないかと思うのですが、医師の対応と、全然関係ない時期に排卵直後に打つ注射をされたことに不安を感じています。

超音波検査も100％ではありませんし、腸に隠れて卵巣が見えづらいこともあります。もし本当に排卵直後だった場合、1周期ムダにしてしまうことになるため、先生としても速やかにタイミングをとることを勧められたのだと考えられます。
おそらくhCGの注射をされたかと思います。排卵後に打つこともあれば排卵前に打つこともあり、また妊娠中に打つこともあるものですので、そこまでご不安にならなくても大丈夫かと思います。
ただ、もちろんご不安であれば現段階で病院にご相談なさってみても問題ありません。

＞昨日今日と排卵検査薬を試してみたところ陽性となりました。

昨日までは陰性だったものが、本日陽性になったということでしょうか。
それであれば48時間以内に排卵する可能性が高いため、本日中にタイミングをとることをおすすめします。

ただ、5日前に打った注射がhCGだった場合は、偽陽性の可能性もあります。
やはりこちらも、ご不安であれば病院にご相談なさってみてください。

＞排卵しそうな卵胞がない状態から、4日やそこらで排卵はしないですよね？

卵胞の成長速度はさまざまですので、ありえないことではありません。

＞これも注射の影響なのでしょうか。

先程も申し上げましたとおり、hCG注射は排卵を誘発する作用もありますので、その影響も考えられます。

授かりますように。