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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づきコメントさせていただきます。

＞消退出血があっても、妊娠している可能性はありますか？また、自分で検査する場合はいつ頃からできますでしょうか？

基本的に消退出血があれば妊娠の可能性はほぼありません。最終の性行為の3週間以降を目安に妊娠検査薬で正しい結果が得られます。

＞月経困難症によりピルを服用
＞飲み忘れ、3時間以上服用予定時間からズレることもありませんでした。

服用なさっている低用量ピルの種類がわかりませんが、経口避妊薬(OC)であれば、ほぼ妊娠の可能性はない状態になっているかと思います。

月経困難症の治療薬(LEP)を服用なさっているのであれば、処方の際の説明書にも記載されているとおり、避妊を目的として処方される薬ではありませんので、避妊効果についてご不安があれば処方医にご相談なさってください。

ただ、作用機序はどちらも同じですので、医師の指導のもと飲み忘れや飲み遅れなく正しく服用を続けている限り、排卵が抑制され結果的に妊娠できない状態になるということになります。
また、ご存じのとおり、性感染症の予防にはコンドームが必要です。

よろしければご参考になさってください。