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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づきコメントさせていただきます。

＞生理予定日から今日で3日遅れています。

1週間程度のズレであれば正常範囲です。
まだ3日とのことですので、様子見でいいのではないでしょうか。

＞妊娠してしまったのでしょうか？

生理予定日を過ぎても生理が来ない原因としては、なんらかの原因で排卵が遅れたり止まったりしているか、妊娠しているかの2つが考えられます。

消去法で原因を絞るために、まずは然るべきタイミングで妊娠検査薬を試してみてはいかがでしょうか。
排卵予定日ではなく確実な排卵日を把握なさっていないようですので、その場合は生理予定日の1週間後ではなく、最終の性行為から3週間以降を目安に使うことで正しい検査が可能です。

その時点で陰性にも関わらず生理が来ないということでしたら、様子を見て婦人科にご相談なさってみてはいかがでしょうか。

よろしければご参考になさってください。