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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づきコメントさせていただきます。

＞ヤーズフレックスを生理が来たら飲み続けてねと言われたのですが、何のためにヤーズフレックスを飲まないと行けないかなどを特に教えて貰っていなくて、とても不安です。

はるたそさん自身は、緊急避妊したい旨を伝え、ノルレボを処方していただいたということで間違いないのですよね？
そしてもともと低用量ピルを服用されていたわけでもないのですよね？

ヤーズフレックスは、おっしゃるとおり日本では月経困難症の治療薬(LEP)として処方されているものです。
さまざまな事情があるので割愛しますが、避妊目的でピルを希望される方には、経口避妊薬(OC)が処方されます。OCは保険適用外のものです。

はるたそさん自身が、低用量ピルの処方を望まれていなく、月経困難症と診断されているわけでもないのであれば、今回に関してはまったく必要のない処方だと言えます。

＞調べるとアフターピルの後必ず低用量ピルを飲み続けなければ行けない訳でもなさそうで
緊急避妊についての処方は、アフターピルのみで完了します。その後の継続的な避妊を患者が希望しない限り、またよほど患者側に問題がある(避妊が困難で今後妊娠を繰り返すとよくない状況など)と医師が判断しない限り、勝手に低用量ピルが処方されることはありえません。

＞なぜヤーズフレックスを飲まないと行けないのでしょうか？
＞アフターピルをレボノルゲストレル錠を1度飲んだだけではダメなのでしょうか？
繰り返しになりますが、3月4日の性行為に対する緊急避妊としては、ノルレボを服用することで処方としては完了しています。ヤーズフレックスを飲む必要はありません。

はるたそさんがかかられた病院は、アフターピル服用後に低用量ピルを処方するという方針で運営されているのかもしれません。
この投稿内容を拝見する限りでは、はるたそさんから低用量ピルの処方を希望されたということもなさそうですし、服用の理由や必要性の説明もかなり不足している印象ですので、服用する必要はまったくないと思います。

また、ノルレボについては服用後然るべきタイミングで妊娠検査薬の使用を指示されたり、再受診を促されたりしていると思いますので、そちらには従われてください。