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書かれている情報から判断できる範囲内で、一般的な事実に基づきコメントさせていただきます。

＞生理がこなくて不安です

生理予定日を過ぎても生理が来ない原因としては、なんらかの原因で排卵が遅れたり止まったりしているか、妊娠しているかの2つが考えられます。

＞どうすれば良いでしょう？

消去法で原因を絞るために、まずは然るべきタイミングで妊娠検査薬を試してみてはいかがでしょうか。
排卵予定日ではなく確実な排卵日を把握なさっていないようですので、その場合は生理予定日の1週間後ではなく、最終の性行為から3週間以降を目安に使うことで正しい検査が可能です。

その時点で陰性にも関わらず生理が来ないということでしたら、様子を見て婦人科にご相談なさってみてはいかがでしょうか。

＞ゴムが完全におりきっていないけど下ろそうとすると痛がっていたのでそのままやりました、半分くらいまでしかおりてなかったです

正しいコンドームの使い方ではないため、期待できる避妊効果が得られていない可能性もあります。

＞また、仮に精子が膣内に入っても少量すぎると妊娠しませんか？

あまりに少量すぎる場合は理論的に妊娠は難しいということになります。

＞ゴムは破れていなかったし終わった後トイレをしたのですが可能性は高いですか？

世の中に100％の避妊法はありませんし、正しいコンドームの使い方ではなかったようですので、可能性はゼロではありません。先程も申し上げましたとおり、あとは排卵予定日ではなく実際の排卵日がいつだったかに左右されます。

また、トイレに行くことに避妊効果はありません。

よろしければご参考になさってください。